Библиотека Музеја жртава геноцида уписана је 18. јула 2007. године у регистар специјалних библиотека, а њена матична установа је Библиотека града Београда.

Библиотека се налаз на трећем спрату и смештена је у две просторије, укупне површине 40 м². У радно-читаоничком делу налази се стол са 4 читаоничка места и омогућава довољно простора за рад.

Библиотека располаже са више од 7.000 монографских публикација. Од серијских побликација заступљени су : часописи, зборници и годишњаци.

Највечи део фонда Библиотеке формиран је дарованим књигама. Поред књига Милана Булајићазначајан поклон је Фонд Драгоја Лукића, Шпире Лагатора, Јефте Шашић, Бранка Бокана, Бранислава Божовића, Милана Басташића, Велимира Иветића, Дајане Џонстон, Милентија Пешаковића и др.

Књижни фонд највећим делом обухвата грађу везану за Други светски рат, историју Југославије, политичке партије и покрете, међународне односе, ратне злочине, геноцид, концентрационе логоре, војну литературу (војна питања, оружане снаге, ратне операције...), мемоарску грађу, монографије места, биографије као и референтну грађу (енциклопедије, лексиконе, речнике и приручнике). Прикупљање грађе у вези са Првим светским ратом почело је 2014. године.

Захваљујући издавачкој делатности Музеја успостављена је успешна сарадња и размена са већим бројем институција у земљи и инпстранству које се баве сличном тематиком.

Спољни корисници наше библиотеке су научни радници, историчари, истраживачи, ученици средњих школа, студенти и други који се баве проучавањем историје Другог светског рата.

Библиотека је доступна корисницима сваког радног дана од 10-16 часова.