Суочени са чињеницом да СФР Југославија није поседовала конкретну документацију о ратним губицима, држава се одлучила за спровођење пописа на читавој територији. Иницијативу за израду поименичног пописа жртава рата поднели су крајем 1962. године Државни секретаријат за иностране послове (ДСИП) и Савезни секретаријат за финансије (ССФ) из потребе стварања пратећег доказног материјала приликом преговора СФР Југославије и СР Немачке око обештећења жртвама рата.

Савезно извршно веће СФР Југославије 10. јуна 1964. године одлучило је да се начини попис ратних жртава 1941–1945. године, али да „припаднике непријатељских и квислиншких организација не пописивати“. У ту сврху 17. јуна формирана је Савезна пописна комисија док је обрада података поверена Савезном заводу за статистику. Организацију пописа требало је да спроведу републичке комисије.

Према одлуци о попису требало је пописати држављане Југославије страдале „од фашистичког терора“ у периоду од 6. априла 1941. до 15. маја 1945. године.

Према основној методолошкој поставци, требало је пописати:

• интерниране, затваране, депортоване, одведене на присилан рад или заробљене без обзира на то да ли су убијени, погинули, умрли, нестали или преживели терор;
• погинуле припаднике југословенске војске у времену од 6. IV до 15. V 1945;
• погинуле припаднике НОВ и ПОЈ или савезничких војних формација до 15. V 1945. или умрле до 15. V 1946. од последица задобијених у рату;
• погинула цивилна лица приликом бомбардовања у времену од 6. IV 1941. до 15. V 1945;
• цивилна лица страдала под ударом директног терора непријатеља (окупатора) и његових сарадника у времену од 6. IV 1941. до 15. V 1945.

За обављање пописа било је ангажовано више од 25.000 пописивача, док се још око њих 5.000 бавило другим, пратећим пословима.

Попис је спроведен по јединственој методологији током новембра 1964. године. Одлучено је да попис треба извршити комбинованом методом: већи градови, као и градове и насеља у којима је било доста миграција становништва пописати по кућама, а у областима у којима је било мање страдалих, уколико је то могуће, користити већ постојеће прикупљене податке, ако такви већ постоје, те извршити „изолацију насеља у којима није било страдалих“ ради уштеде средстава. Проверавањем материјала установљено је да је било пропуста, па је пописивање појединим деловима Југославије поновљено априла 1965. године.

Први званични бројеви обзнањени су 1966. године: пописом су обухваћене укупно 1.107.172 жртве рата – 597.323 смртно страдале и 509.849 преживелих особа.

Савезна комисија оценила је да је попис непотпун, да је њиме обухваћено само 56–59 одсто од процењеног броја страдалих (1.016.000 до 1.066.000, без „најмање педесет хиљада страдалих квислинга и око четрдесет хиљада Рома и Јевреја за које није имао ко да да податке“ ), али да резултат пописа представља максимум који се могао постићи. Савезно извршно веће је закључило да попис нема потребан ниво квалитета, то јест да је далеко од прокламованих 1.706.000 жртава, па је стављена забрана на коришћење пописа. Целокупни материјал предат је Архиву Југославије где се и сада чува.

У марту 1992. године Савезно извршно веће СР Југославије, свесно непроцењиве вредности материјала (без обзира на његову непотпуност и недовољан квалитет), донело је одлуку о престанку забране и наложило да Савезни завод за статистику поменути материјал уреди и обради.

Подаци су дигитализовани у марту и априлу 1992. године. Унети су тада подаци о свим погинулим, убијеним, умрлим и несталим жртвама рата чија се имена у попису појављују, односно за које постоји пописни материјал. Тако су формирани дигитална база и регистар жртава.

Резултати пописа објављени су у четири комплета по шеснаест књига, од којих је прва фототипско издање интерне публикације Савезног завода за статистику (СЗС) из 1966. године под насловом „Жртве рата 1941–1945. (Резултати пописа)“, са извештајем Савезне комисије као посебним додатком. У осталих 15 књига подаци о жртвама исказани су према територијалном принципу – за републике и покрајине, општине и насеља.

Нажалост, публикација је објављена у ограниченом броју примерака само за потребе највиших државних органа и научних институција. По један примерак доступан је јавности у библиотекама Републичког завода за статистику, Архива Југославије и Музеја жртава геноцида.

Непотпуност података пописа Жртве рата је отворила питање његове ревизије. Државни архив Србије је 1992. године, у име тада формално постојећег Музеја жртава геноцида, отпочео са прикупљањем формулара са подацима о страдалима у Другом светском рату које је прослеђивао Савезном заводу за статистику у циљу допуњавања пописа. Ревизија је, уз прекиде, вршена у периоду од 1995. до 1998. године у Савезном заводу за статистику, уз асистенцију стручњака Музеја жртава геноцида, да би посао ревизије самостално наставио Музеј жртава геноцида и то у периоду између 2003. и 2008. године. На тај начин број идентификованих страдалих особа увећан је за више од 10%, док је попис истовремено делимично очишћен од двоструко или вишеструко уписаних особа.

У Музеју жртава геноцида и даље је могуће пријавити непознате и непописане жртве Другог светског рата – уколико се у вези с њима поседује доказ или постоји живо сећање на њих – и тако допунити извештај о страдању припадника српског, као и других народа са простора некадашње Југославије.

Циљ коме се тежи, а на основу законом поверених надлежности Музеју жртава геноцида, је да се попишу сва лица која су на дан 6. априла 1941. године била држављани Краљевине Југославије, без обзира на њихову националну, религијску, етничку, војну или политичку припадност. Тиме би се број пописаних жртава приближио стварном броју страдалих. На тај начин одужили бисмо се свим страдалницима и очували сећање на њих.

1. Узорак попуњеног пописног листа из 1964. године