Suočeni sa činjenicom da SFR Jugoslavija nije posedovala konkretnu dokumentaciju o ratnim gubicima, država se odlučila za sprovođenje popisa na čitavoj teritoriji. Inicijativu za izradu poimeničnog popisa žrtava rata podneli su krajem 1962. godine Državni sekretarijat za inostrane poslove (DSIP) i Savezni sekretarijat za finansije (SSF) iz potrebe stvaranja pratećeg dokaznog materijala prilikom pregovora SFR Jugoslavije i SR Nemačke oko obeštećenja žrtvama rata.

Savezno izvršno veće SFR Jugoslavije 10. juna 1964. godine odlučilo je da se načini popis ratnih žrtava 1941–1945. godine, ali da „pripadnike neprijateljskih i kvislinških organizacija ne popisivati“. U tu svrhu 17. juna formirana je Savezna popisna komisija dok je obrada podataka poverena Saveznom zavodu za statistiku. Organizaciju popisa trebalo je da sprovedu republičke komisije.

Prema odluci o popisu trebalo je popisati državljane Jugoslavije stradale „od fašističkog terora“ u periodu od 6. aprila 1941. do 15. maja 1945. godine.

Prema osnovnoj metodološkoj postavci, trebalo je popisati:

• internirane, zatvarane, deportovane, odvedene na prisilan rad ili zarobljene bez obzira na to da li su ubijeni, poginuli, umrli, nestali ili preživeli teror;
• poginule pripadnike jugoslovenske vojske u vremenu od 6. IV do 15. V 1945;
• poginule pripadnike NOV i POJ ili savezničkih vojnih formacija do 15. V 1945. ili umrle do 15. V 1946. od posledica zadobijenih u ratu;
• poginula civilna lica prilikom bombardovanja u vremenu od 6. IV 1941. do 15. V 1945;
• civilna lica stradala pod udarom direktnog terora neprijatelja (okupatora) i njegovih saradnika u vremenu od 6. IV 1941. do 15. V 1945.

Za obavljanje popisa bilo je angažovano više od 25.000 popisivača, dok se još oko njih 5.000 bavilo drugim, pratećim poslovima.

Popis je sproveden po jedinstvenoj metodologiji tokom novembra 1964. godine. Odlučeno je da popis treba izvršiti kombinovanom metodom: veći gradovi, kao i gradove i naselja u kojima je bilo dosta migracija stanovništva popisati po kućama, a u oblastima u kojima je bilo manje stradalih, ukoliko je to moguće, koristiti već postojeće prikupljene podatke, ako takvi već postoje, te izvršiti „izolaciju naselja u kojima nije bilo stradalih“ radi uštede sredstava. Proveravanjem materijala ustanovljeno je da je bilo propusta, pa je popisivanje pojedinim delovima Jugoslavije ponovljeno aprila 1965. godine.

Prvi zvanični brojevi obznanjeni su 1966. godine: popisom su obuhvaćene ukupno 1.107.172 žrtve rata – 597.323 smrtno stradale i 509.849 preživelih osoba.

Savezna komisija ocenila je da je popis nepotpun, da je njime obuhvaćeno samo 56–59 odsto od procenjenog broja stradalih (1.016.000 do 1.066.000, bez „najmanje pedeset hiljada stradalih kvislinga i oko četrdeset hiljada Roma i Jevreja za koje nije imao ko da da podatke“ ), ali da rezultat popisa predstavlja maksimum koji se mogao postići. Savezno izvršno veće je zaključilo da popis nema potreban nivo kvaliteta, to jest da je daleko od proklamovanih 1.706.000 žrtava, pa je stavljena zabrana na korišćenje popisa. Celokupni materijal predat je Arhivu Jugoslavije gde se i sada čuva.

U martu 1992. godine Savezno izvršno veće SR Jugoslavije, svesno neprocenjive vrednosti materijala (bez obzira na njegovu nepotpunost i nedovoljan kvalitet), donelo je odluku o prestanku zabrane i naložilo da Savezni zavod za statistiku pomenuti materijal uredi i obradi.

Podaci su digitalizovani u martu i aprilu 1992. godine. Uneti su tada podaci o svim poginulim, ubijenim, umrlim i nestalim žrtvama rata čija se imena u popisu pojavljuju, odnosno za koje postoji popisni materijal. Tako su formirani digitalna baza i registar žrtava.

Rezultati popisa objavljeni su u četiri kompleta po šesnaest knjiga, od kojih je prva fototipsko izdanje interne publikacije Saveznog zavoda za statistiku (SZS) iz 1966. godine pod naslovom „Žrtve rata 1941–1945. (Rezultati popisa)“, sa izveštajem Savezne komisije kao posebnim dodatkom. U ostalih 15 knjiga podaci o žrtvama iskazani su prema teritorijalnom principu – za republike i pokrajine, opštine i naselja.

Nažalost, publikacija je objavljena u ograničenom broju primeraka samo za potrebe najviših državnih organa i naučnih institucija. Po jedan primerak dostupan je javnosti u bibliotekama Republičkog zavoda za statistiku, Arhiva Jugoslavije i Muzeja žrtava genocida.

Nepotpunost podataka popisa Žrtve rata je otvorila pitanje njegove revizije. Državni arhiv Srbije je 1992. godine, u ime tada formalno postojećeg Muzeja žrtava genocida, otpočeo sa prikupljanjem formulara sa podacima o stradalima u Drugom svetskom ratu koje je prosleđivao Saveznom zavodu za statistiku u cilju dopunjavanja popisa. Revizija je, uz prekide, vršena u periodu od 1995. do 1998. godine u Saveznom zavodu za statistiku, uz asistenciju stručnjaka Muzeja žrtava genocida, da bi posao revizije samostalno nastavio Muzej žrtava genocida i to u periodu između 2003. i 2008. godine. Na taj način broj identifikovanih stradalih osoba uvećan je za više od 10%, dok je popis istovremeno delimično očišćen od dvostruko ili višestruko upisanih osoba.

U Muzeju žrtava genocida i dalje je moguće prijaviti nepoznate i nepopisane žrtve Drugog svetskog rata – ukoliko se u vezi s njima poseduje dokaz ili postoji živo sećanje na njih – i tako dopuniti izveštaj o stradanju pripadnika srpskog, kao i drugih naroda sa prostora nekadašnje Jugoslavije.

Cilj kome se teži, a na osnovu zakonom poverenih nadležnosti Muzeju žrtava genocida, je da se popišu sva lica koja su na dan 6. aprila 1941. godine bila državljani Kraljevine Jugoslavije, bez obzira na njihovu nacionalnu, religijsku, etničku, vojnu ili političku pripadnost. Time bi se broj popisanih žrtava približio stvarnom broju stradalih. Na taj način odužili bismo se svim stradalnicima i očuvali sećanje na njih.

1. Uzorak popunjenog popisnog lista iz 1964. godine