Biblioteka Muzeja žrtava genocida upisana je 18. jula 2007. godine u registar specijalnih biblioteka, a njena matična ustanova je Biblioteka grada Beograda.

Biblioteka se nalaz na trećem spratu i smeštena je u dve prostorije, ukupne površine 40 m². U radno-čitaoničkom delu nalazi se stol sa 4 čitaonička mesta i omogućava dovoljno prostora za rad.

Biblioteka raspolaže sa više od 7.000 monografskih publikacija. Od serijskih poblikacija zastupljeni su : časopisi, zbornici i godišnjaci.

Največi deo fonda Biblioteke formiran je darovanim knjigama. Pored knjiga Milana Bulajićaznačajan poklon je Fond Dragoja Lukića, Špire Lagatora, Jefte Šašić, Branka Bokana, Branislava Božovića, Milana Bastašića, Velimira Ivetića, Dajane Džonston, Milentija Pešakovića i dr.

Knjižni fond najvećim delom obuhvata građu vezanu za Drugi svetski rat, istoriju Jugoslavije, političke partije i pokrete, međunarodne odnose, ratne zločine, genocid, koncentracione logore, vojnu literaturu (vojna pitanja, oružane snage, ratne operacije...), memoarsku građu, monografije mesta, biografije kao i referentnu građu (enciklopedije, leksikone, rečnike i priručnike). Prikupljanje građe u vezi sa Prvim svetskim ratom počelo je 2014. godine.

Zahvaljujući izdavačkoj delatnosti Muzeja uspostavljena je uspešna saradnja i razmena sa većim brojem institucija u zemlji i inpstranstvu koje se bave sličnom tematikom.

Spoljni korisnici naše biblioteke su naučni radnici, istoričari, istraživači, učenici srednjih škola, studenti i drugi koji se bave proučavanjem istorije Drugog svetskog rata.

Biblioteka je dostupna korisnicima svakog radnog dana od 10-16 časova.